<div dir="ltr"><div>We had a talk that might be of interest to the Kepler community about how Matt Gerring and others are using Ptolemy II as an engine at the Diamond Light Souce Synchrotron in the UK.<br><br></div>Basically, they use Ptolemy II inside Passerelle, inside Eclipse as an RCP app.<br>
<br>The slides from the talk are at <a href="http://embedded.eecs.berkeley.edu/seminar/#0b88c9">http://embedded.eecs.berkeley.edu/seminar/#0b88c9</a><br><br>=====<br><div><div><div><h2>The use of Ptolemy 2 and clusters for data analysis at the Diamond Synchrotron</h2>

<p>Mar 18, 2014, 
4.10-5pm, <a href="http://www.diamond.ac.uk/">Matt Gerring</a>, Diamond Light Source, United Kingdom.</p>
<p><a href="http://chess.eecs.berkeley.edu/pubs/x.html">Slides</a></p>
<h3>Abstract</h3>
<p>Diamond Light Source is a synchrotron radiation facility conducting 
experiments in diverse areas such as crystallography, tomography, 
microscopy, spectroscopy and radiography. The synchrotron machine 
produces high energy light and requires automated systems to execute 
experiments because of the extreme environment required. We will look at
 some of the robots operating in this environment and how data is 
collected at Diamond. We will also look at how data, once collected, is 
treated using Ptolemy 2 – based actors. The seminar will include 
demonstrations of the Data Analysis Workbench or DAWN which is open 
source software used to visualize and treat data for users. DAWN is a 
collaboration between Diamond Light Source, the ESRF and EMBL Grenoble.</p>
<h3>Bio:</h3>
<p>Matthew Gerring is a software developer and is enthusiastic about 
Ptolemy 2, Eclipse RCP and design patterns. He works on the DAWN product
 and manages the DAWN collaboration at Diamond Synchrotron near Oxford 
in the United Kingdom. He has been a keen Java developer for around 15 
years and is a committer to several open source projects, including 
Eclipse Nebula and DAWN. When not glued to a screen and weather 
allowing, he can be found outdoors walking with the family and dogs or 
doing a little fly fishing.</p>===<br><br></div><div>There is also a paper:<br><br><b>The use of workflows in the design and implementation of complex experiments in macromolecular crystallography.</b><br><i>Sandor
 Brockhauser, Olof Svensson, Matthew W. Bowler, Max Nanao, Elspeth 
Gordon, Ricardo M.F. Leal, Alexander Popov, Matthew Gerring, Andrew 
McCarthy, Andy Gotz</i>
<p><b>Citation</b><br>Sandor Brockhauser, Olof Svensson, Matthew W. 
Bowler, Max Nanao, Elspeth Gordon, Ricardo M.F. Leal, Alexander Popov, 
Matthew Gerring, Andrew McCarthy, Andy Gotz. "The use of workflows in 
the design and implementation of complex experiments in macromolecular 
crystallography.". <i>Acta Crystallographica Section D</i>, 68(8):975-984, August 2012; (The workflows use Ptolemy II as an engine.).</p>
<p>
<b>Abstract</b><br>The automation of beam delivery, sample handling and 
data analysis, together with increasing photon flux, diminishing focal 
spot size and the appearance of fast-readout detectors on synchrotron 
beamlines, have changed the way that many macromolecular crystallography
 experiments are planned and executed. Screening for the best 
diffracting crystal, or even the best diffracting part of a selected 
crystal, has been enabled by the development of microfocus beams, 
precise goniometers and fast-readout detectors that all require rapid 
feedback from the initial processing of images in order to be effective.
 All of these advances require the coupling of data feedback to the 
experimental control system and depend on immediate online data-analysis
 results during the experiment. To facilitate this, a Data Analysis 
WorkBench (DAWB) for the flexible creation of complex automated 
protocols has been developed. Here, example workflows designed and 
implemented using DAWB are presented for enhanced multi-step crystal 
characterizations, experiments involving crystal re­orientation with 
kappa goniometers, crystal-burning experiments for empirically 
determining the radiation sensitivity of a crystal system and the 
application of mesh scans to find the best location of a crystal to 
obtain the highest diffraction quality. Beamline users interact with the
 prepared workflows through a specific brick within the beamline-control
 GUI <i>MXCuBE</i>.</p><p><b>Electronic downloads</b></p><ul><li><a href="http://dx.doi.org/10.1107%2FS090744491201863X">http://dx.doi.org/10.1107%2FS090744491201863X</a></li></ul>_Christopher<br></div></div></div></div>