Hi Derik,<div><br></div><div>Thank you for your help. I tried two of my workflows and both of them failed. One failed when copy filename.xml CON: and got an error message "Not enough storage is available to process this command." The other one was successfully copied, but had an exception when I tried the opm2dot command. I have pasted the exception below. I will try a couple of other things later. Thank you again for your help.</div>
<div><br></div><div>Yujia</div><div><br></div><div><div><font face="courier new, monospace">opmToolbox>bin\opm2dot soil.xml soil.dot soil.pdf</font></div><div><font face="courier new, monospace">Exception in thread "main" javax.xml.bind.UnmarshalException: unexpected element</font></div>
<div><font face="courier new, monospace"> (uri:"<a href="http://openprovenance.org/model/v1.01.a">http://openprovenance.org/model/v1.01.a</a>", local:"opmGraph"). Expected ele</font></div><div><font face="courier new, monospace">ments are <{<a href="http://openprovenance.org/model/opmx#}annotation">http://openprovenance.org/model/opmx#}annotation</a>>,<{<a href="http://openprove">http://openprove</a></font></div>
<div><font face="courier new, monospace"><a href="http://nance.org/model/opmx#}label">nance.org/model/opmx#}label</a>>,<{<a href="http://openprovenance.org/model/opmx#}opmGraph">http://openprovenance.org/model/opmx#}opmGraph</a>>,<</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">{<a href="http://openprovenance.org/model/opmx#}pname">http://openprovenance.org/model/opmx#}pname</a>>,<{<a href="http://openprovenance.org/model/">http://openprovenance.org/model/</a></font></div>
<div><font face="courier new, monospace">opmx#}profile>,<{<a href="http://openprovenance.org/model/opmx#}type">http://openprovenance.org/model/opmx#}type</a>>,<{<a href="http://openproven">http://openproven</a></font></div>
<div><font face="courier new, monospace"><a href="http://ance.org/model/opmx#}value">ance.org/model/opmx#}value</a>></font></div><div><font face="courier new, monospace">        at com.sun.xml.bind.v2.runtime.unmarshaller.UnmarshallingContext.handleE</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">vent(UnmarshallingContext.java:642)</font></div><div><font face="courier new, monospace">        at com.sun.xml.bind.v2.runtime.unmarshaller.Loader.reportError(Loader.ja</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">va:254)</font></div><div><font face="courier new, monospace">        at com.sun.xml.bind.v2.runtime.unmarshaller.Loader.reportError(Loader.ja</font></div><div><font face="courier new, monospace">va:249)</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">        at com.sun.xml.bind.v2.runtime.unmarshaller.Loader.reportUnexpectedChild</font></div><div><font face="courier new, monospace">Element(Loader.java:116)</font></div><div><font face="courier new, monospace">        at com.sun.xml.bind.v2.runtime.unmarshaller.UnmarshallingContext$Default</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">RootLoader.childElement(UnmarshallingContext.java:1049)</font></div><div><font face="courier new, monospace">        at com.sun.xml.bind.v2.runtime.unmarshaller.UnmarshallingContext._startE</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">lement(UnmarshallingContext.java:478)</font></div><div><font face="courier new, monospace">        at com.sun.xml.bind.v2.runtime.unmarshaller.UnmarshallingContext.startEl</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">ement(UnmarshallingContext.java:459)</font></div><div><font face="courier new, monospace">        at com.sun.xml.bind.v2.runtime.unmarshaller.SAXConnector.startElement(SA</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">XConnector.java:148)</font></div><div><font face="courier new, monospace">        at org.apache.xerces.parsers.AbstractSAXParser.startElement(Unknown Sour</font></div><div><font face="courier new, monospace">ce)</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">        at org.apache.xerces.impl.XMLNSDocumentScannerImpl.scanStartElement(Unkn</font></div><div><font face="courier new, monospace">own Source)</font></div><div><font face="courier new, monospace">        at org.apache.xerces.impl.XMLNSDocumentScannerImpl$NSContentDispatcher.s</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">canRootElementHook(Unknown Source)</font></div><div><font face="courier new, monospace">        at org.apache.xerces.impl.XMLDocumentFragmentScannerImpl$FragmentContent</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">Dispatcher.dispatch(Unknown Source)</font></div><div><font face="courier new, monospace">        at org.apache.xerces.impl.XMLDocumentFragmentScannerImpl.scanDocument(Un</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">known Source)</font></div><div><font face="courier new, monospace">        at org.apache.xerces.parsers.XML11Configuration.parse(Unknown Source)</font></div><div><font face="courier new, monospace">        at org.apache.xerces.parsers.XML11Configuration.parse(Unknown Source)</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">        at org.apache.xerces.parsers.XMLParser.parse(Unknown Source)</font></div><div><font face="courier new, monospace">        at org.apache.xerces.parsers.AbstractSAXParser.parse(Unknown Source)</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">        at org.apache.xerces.jaxp.SAXParserImpl$JAXPSAXParser.parse(Unknown Sour</font></div><div><font face="courier new, monospace">ce)</font></div><div><font face="courier new, monospace">        at com.sun.xml.bind.v2.runtime.unmarshaller.UnmarshallerImpl.unmarshal0(</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">UnmarshallerImpl.java:211)</font></div><div><font face="courier new, monospace">        at com.sun.xml.bind.v2.runtime.unmarshaller.UnmarshallerImpl.unmarshal(U</font></div><div><font face="courier new, monospace">nmarshallerImpl.java:184)</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">        at javax.xml.bind.helpers.AbstractUnmarshallerImpl.unmarshal(Unknown Sou</font></div><div><font face="courier new, monospace">rce)</font></div><div><font face="courier new, monospace">        at javax.xml.bind.helpers.AbstractUnmarshallerImpl.unmarshal(Unknown Sou</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">rce)</font></div><div><font face="courier new, monospace">        at javax.xml.bind.helpers.AbstractUnmarshallerImpl.unmarshal(Unknown Sou</font></div><div><font face="courier new, monospace">rce)</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">        at javax.xml.bind.helpers.AbstractUnmarshallerImpl.unmarshal(Unknown Sou</font></div><div><font face="courier new, monospace">rce)</font></div><div><font face="courier new, monospace">        at org.openprovenance.model.OPMDeserialiser.deserialiseOPMGraph(OPMDeser</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">ialiser.java:70)</font></div><div><font face="courier new, monospace">        at org.openprovenance.model.OPMToDot.convert(OPMToDot.java:164)</font></div><div><font face="courier new, monospace">        at org.openprovenance.model.OPMToDot.main(OPMToDot.java:48)</font></div>
<br><div class="gmail_quote">On Fri, Jun 29, 2012 at 3:11 PM, Derik Barseghian <span dir="ltr"><<a href="mailto:barseghian@nceas.ucsb.edu" target="_blank">barseghian@nceas.ucsb.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Yujia,<br>
By default provenance records to a local HSQL database using the "SQL-SPA-8" format, but other options are available. Turn off the default style of recording by clicking the P button in the toolbar (so it's red), and dragging to workflow canvas a Provenance Recorder. Double-click on it to configure it, and change Recording Type to OPM XML.<br>

<span class="HOEnZb"><font color="#888888">Derik<br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Jun 29, 2012, at 11:56 AM, Yujia Zhou wrote:<br>
<br>
> Hi Derik,<br>
><br>
> Thank you very much! I'm trying the OPM toolbox since my workflow is not a comad workflow.<br>
> I have installed the OPM box and I am able to run its demos. But how can I make the kepler provenance module record to OPM?<br>
><br>
> Yujia<br>
><br>
> On Thu, Jun 28, 2012 at 3:21 PM, Derik Barseghian <<a href="mailto:barseghian@nceas.ucsb.edu">barseghian@nceas.ucsb.edu</a>> wrote:<br>
> Hi Yujia,<br>
> There are actually two different provenance subsystems available in Kepler, the released provenance suite, and a provenance system that I believe was designed to work with the comad add-on(s).<br>
><br>
> The released provenance suite doesn't have a data visualization capability, though it does allow recording to OPM, and the OPM toolbox has a tool to convert these OPM graphs to graphviz, but a co-worker gave that a try this morning without success. It does seem like it may be possible though. This is what I would pursue if you are interested.<br>

><br>
> The comad provenance system has a provenance browser for data visualization. A screenshot of it is here:<br>
> <a href="https://kepler-project.org/developers/interest-groups/provenance-interest-group/keplerprovbrowserui.png/view?searchterm=provenance%20browser" target="_blank">https://kepler-project.org/developers/interest-groups/provenance-interest-group/keplerprovbrowserui.png/view?searchterm=provenance%20browser</a><br>

> You'll see the provenance-browser module in: <a href="https://code.kepler-project.org/code/kepler/trunk/modules/" target="_blank">https://code.kepler-project.org/code/kepler/trunk/modules/</a><br>
><br>
> I gave it a very quick try just now, and got errors when trying to open some the included example trace files. I don't think this project is being maintained, and I believe it is restrictive to comad workflows. I saw this browser working in the distant past and it looked useful, it would be nice if it were made to work with the released provenance module.<br>

><br>
> Derik<br>
><br>
><br>
> On Jun 28, 2012, at 6:51 AM, Yujia Zhou wrote:<br>
><br>
> > Hi,<br>
> ><br>
> > I want to build a provenance diagram in Kepler. I have installed the provenance module and I am able to query the database successfully. But I'm wondering if there's a way for Kepler to produce a nice graph to visualize the data provenance? Thank you very much.<br>

> ><br>
> > Yujia<br>
> > _______________________________________________<br>
> > Kepler-users mailing list<br>
> > <a href="mailto:Kepler-users@kepler-project.org">Kepler-users@kepler-project.org</a><br>
> > <a href="http://lists.nceas.ucsb.edu/kepler/mailman/listinfo/kepler-users" target="_blank">http://lists.nceas.ucsb.edu/kepler/mailman/listinfo/kepler-users</a><br>
><br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>