<div class="gmail_extra">Yes, there is. That's just a GUI to edit ontology_catalog.xml, though, I think.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">- Sean<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Apr 26, 2012 at 2:28 PM, Shawn Bowers <span dir="ltr"><<a href="mailto:bowers@gonzaga.edu" target="_blank">bowers@gonzaga.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
If I recall correctly, I thought there was also a way to "register" an<br>
ontology via the tag editor (not sure what this is called)? I know<br>
this was in an initial version of the tagging module.  I don't have it<br>
up and running here to check ...<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Shawn<br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Thu, Apr 26, 2012 at 2:23 PM, Sean Riddle <<a href="mailto:swriddle@gmail.com">swriddle@gmail.com</a>> wrote:<br>
> If I recall, the ontology_catalog.xml file you edited is copied into place<br>
> in the ~/.kepler directory if it is not already there. Adding your edit to<br>
> the copy in .kepler (or just deleting the copy in .kepler, which should<br>
> re-copy your modified version) should get you up and running.<br>
><br>
> Also, I would try using absolute paths to your ontologies first and then<br>
> experimenting to determine with respect to what local pathnames are<br>
> calculated (probably the main Kepler directory).<br>
><br>
> - Sean<br>
><br>
> On Thu, Apr 26, 2012 at 5:13 AM, <Michael.O'Connor@csiro.au> wrote:<br>
>><br>
>> I wanted to add my own ontology to Kepler, so that I could semantically<br>
>> annotate inputs and outputs in my workflows.<br>
>><br>
>> I have found at least one message in the kepler-user lists that discusses<br>
>> this:<br>
>><br>
>>  <a href="http://lists.nceas.ucsb.edu/ecoinformatics/pipermail/kepler-users/2006-January/000053.html" target="_blank">http://lists.nceas.ucsb.edu/ecoinformatics/pipermail/kepler-users/2006-January/000053.html</a><br>

>><br>
>> Followed the suggestions by:<br>
>> — adding my .owl file to<br>
>> /Applications/Kepler-2.3/Kepler.app/Contents/Resources/Java/common-2.3.0/configs/ptolemy/configs/kepler/ontologies<br>
>> — in the same folder I added an entry to ontology_catalog.xml i.e.<br>
>> <ontology filename="myOwl.owl" library="false"/><br>
>><br>
>> My ontology did not appear in the list of Categories in the Input tab of<br>
>> the Semantic Type Annotation dialog.<br>
>><br>
>> Next approach — my ontology might not be correctly formed as far as Kepler<br>
>> is concerned (it does open fine in Protege 4.2)?  So I made a copy of one of<br>
>> the SEEK ontologies and tried that, as above, but the same lack of result.<br>
>><br>
>> Perhaps I'm putting the ontology in the wrong place (i.e. not inside the<br>
>> folder for the Application) or I have to rebuild or compile something to get<br>
>> this to work.<br>
>><br>
>> Any help gratefully received,<br>
>><br>
>> — Mike<br>
>> _______________________________________________<br>
>> Kepler-users mailing list<br>
>> <a href="mailto:Kepler-users@kepler-project.org">Kepler-users@kepler-project.org</a><br>
>> <a href="http://lists.nceas.ucsb.edu/kepler/mailman/listinfo/kepler-users" target="_blank">http://lists.nceas.ucsb.edu/kepler/mailman/listinfo/kepler-users</a><br>
><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Kepler-users mailing list<br>
> <a href="mailto:Kepler-users@kepler-project.org">Kepler-users@kepler-project.org</a><br>
> <a href="http://lists.nceas.ucsb.edu/kepler/mailman/listinfo/kepler-users" target="_blank">http://lists.nceas.ucsb.edu/kepler/mailman/listinfo/kepler-users</a><br>
><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>