<div class="gmail_extra">Hi Mike (and Sean) --</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Since that email, we have released the Kepler Tagging module, which modifies and improves how ontologie are handled in Kepler, and provides a new user interface for working with semantic tags in Kepler.  See the documentation on the Tagging module here:</div>
<div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"><a href="https://kepler-project.org/users/documentation">https://kepler-project.org/users/documentation</a></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">
The pdf file describing tagging does not discuss how to add new ontologies -- I'm hoping Sean Riddle who wrote the tagging module can provide some guidance to us.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">
Matt<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Apr 26, 2012 at 4:13 AM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:Michael.O'Connor@csiro.au" target="_blank">Michael.O'Connor@csiro.au</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
I wanted to add my own ontology to Kepler, so that I could semantically annotate inputs and outputs in my workflows.<br>
<br>
I have found at least one message in the kepler-user lists that discusses this:<br>
  <a href="http://lists.nceas.ucsb.edu/ecoinformatics/pipermail/kepler-users/2006-January/000053.html" target="_blank">http://lists.nceas.ucsb.edu/ecoinformatics/pipermail/kepler-users/2006-January/000053.html</a><br>
<br>
Followed the suggestions by:<br>
— adding my .owl file to /Applications/Kepler-2.3/Kepler.app/Contents/Resources/Java/common-2.3.0/configs/ptolemy/configs/kepler/ontologies<br>
— in the same folder I added an entry to ontology_catalog.xml i.e. <ontology filename="myOwl.owl" library="false"/><br>
<br>
My ontology did not appear in the list of Categories in the Input tab of the Semantic Type Annotation dialog.<br>
<br>
Next approach — my ontology might not be correctly formed as far as Kepler is concerned (it does open fine in Protege 4.2)?  So I made a copy of one of the SEEK ontologies and tried that, as above, but the same lack of result.<br>

<br>
Perhaps I'm putting the ontology in the wrong place (i.e. not inside the folder for the Application) or I have to rebuild or compile something to get this to work.<br>
<br>
Any help gratefully received,<br>
<br>
— Mike<br>
_______________________________________________<br>
Kepler-users mailing list<br>
<a href="mailto:Kepler-users@kepler-project.org">Kepler-users@kepler-project.org</a><br>
<a href="http://lists.nceas.ucsb.edu/kepler/mailman/listinfo/kepler-users" target="_blank">http://lists.nceas.ucsb.edu/kepler/mailman/listinfo/kepler-users</a><br>
</blockquote></div><br></div>