Hi Luciana,<div><br><div class="gmail_quote">On Thu, Feb 24, 2011 at 10:47 AM, Luciana Gomes <span dir="ltr"><<a href="mailto:lgomes@inf.puc-rio.br">lgomes@inf.puc-rio.br</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Hello,<br>
<br>
do you have some example of an actor that encapsulates a command-line<br>
tool, like BLAST tool?<br></blockquote><div>There are two examples of using the External Execution actor to execute an external program and return the results.  See the Getting Started Guide examples.  Example 07 shows how to run a java HelloWorld program, and example 08 shows how to run the R system.  Either demo could be easily adapted to run the Blast tool.  You can find the demos in your KeplerData folder in your home directory:</div>
<div>  KeplerData/workflows/module/outreach-2.1.0/demos/getting-started/07-CommandLine_1.xml</div><div>  KeplerData/workflows/module/outreach-2.1.0/demos/getting-started/08-CommandLine_2.xml</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

<br>
Is it possible to make this kind of actor outputs a file, which is for<br>
example the alignment file generated by BLAST, considering this can be a<br>
big file?<br></blockquote><div>The external execution actor will pass along anything that comes out of STDOUT to the output port of the actor.  If you are concerned about file size, the easiest thing to do would be to arrange for your commandline tool to output a filename that is processed downstream by other actors as needed.</div>
<div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<br>
Would this file be stored in DATA table of provenance database?<br></blockquote><div>The provenance DB captures port outputs, so as far as I know it would be stored if provenance is on. </div><div><br></div><div>Matt</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<br>
Thanks a lot,<br>
--<br>
Luciana<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Kepler-users mailing list<br>
<a href="mailto:Kepler-users@kepler-project.org">Kepler-users@kepler-project.org</a><br>
<a href="http://lists.nceas.ucsb.edu/kepler/mailman/listinfo/kepler-users" target="_blank">http://lists.nceas.ucsb.edu/kepler/mailman/listinfo/kepler-users</a><br>
</blockquote></div><br></div>