[seek-kr-sms] Fwd: test data set for OBOE

Thu Jun 15 10:19:55 PDT 2006

Dear all,

I am forwarding a test data set from Mark and my interpretation as an  
OBOE annotation for comment.

Cheers,
Josh

Begin forwarded message:

> Subject: test data set for OBOE
>
> Hi guys,
>
> How about this for a test data set (attached, CSV format,  
> "KRtest1.txt") --
>
> Biomass,   Rainfall,   Num_ Bugs,    Species_Id,    Plot,   
> Treatment,    Subplot,    Veg_Type
>
> Plot and Subplot:
> Plots are disjoint areas of  1 m2.  Each plot consists of 4  
> subplots, each of 0.25 m2,  like quadrats of a cartesian plot, and  
> labeled as follows (signs indicate XY sign of values of coordinates  
> within 2D cartesian plot: ++ =1, +- =2, -- =3, -+ =4
>
> Rainfall is measured from "nearby sites" in mm, and corresponds  
> most closely (spatially)  with Plot
>
> Species_Id is measured within each subplot, and has an associated  
> Biomass measure (in Grams).
>
> Treatment is applied randomly to subplots, and consists of 2  
> levels: fertilized or non-fertilized  (0 or 1)
>
> Num_Bugs is the number of bugs observed within a subplot
>
> Veg_Type is a classification based on the Species_Id of whether  
> something is a grass, shrub, etc.
>
> I've attached a dummy data set(KRtest1.txt)  that contains this  
> information.  The values are comma-separated, and in the order  
> presented above, i.e.:
>
> Biomass,   Rainfall,   Num_ Bugs,    Species_Id,    Plot,   
> Treatment,    Subplot,    Veg_Type
>
> There are a few intentional "errors" in the data set which a nice  
> summarization actor could readily reveal...
>
> I'll finish up that end-to-end use case by later today.
>
> Cheers,
> Mark
>
> -- 
> Mark Schildhauer, Ph.D.                        735 State St., Suite  
> 300
> Director of Computing, NCEAS               Santa Barbara CA 93101
> Phone: 805-892-2509      FAX: 805-892-2510
> Email: schild at nceas.ucsb.edu
>
>
> 0 ,26 ,6 ,Jx ,2 ,1 ,4 ,G
> 0 ,22 ,12 ,Ky ,1 ,1 ,4 ,T
> 0.3 ,22 ,42 ,Ky ,3 ,0 ,3 ,T
> 0.3 ,22 ,42 ,Dt ,3 ,0 ,3 ,F
> 0.9 ,26 ,22 ,Ky ,2 ,0 ,1 ,T
> 1 ,26 ,6 ,Eu ,2 ,0 ,4 ,F
> 1 ,26 ,6 ,Iw ,2 ,0 ,4 ,F
> 1 ,26 ,6 ,Cs ,2 ,1 ,4 ,G
> 1 ,26 ,6 ,Dt ,2 ,1 ,4 ,G
> 1 ,26 ,6 ,Hv ,2 ,1 ,4 ,G
> 1 ,26 ,6 ,Ky ,2 ,1 ,4 ,T
> 1 ,29 ,7 ,Ky ,4 ,1 ,2 ,F
> 1 ,26 ,12 ,Jx ,2 ,0 ,3 ,G
> 1 ,26 ,12 ,Eu ,2 ,1 ,3 ,F
> 1 ,26 ,12 ,Iw ,2 ,1 ,3 ,F
> 2 ,29 ,2 ,Ky ,4 ,1 ,3 ,T
> 2 ,29 ,2 ,Dt ,4 ,1 ,3 ,F
> 2 ,22 ,5 ,Eu ,1 ,0 ,3 ,F
> 2 ,22 ,5 ,Iw ,1 ,0 ,3 ,F
> 2 ,26 ,6 ,Dt ,2 ,1 ,4 ,F
> 2 ,22 ,8 ,Dt ,1 ,1 ,2 ,F
> 2 ,26 ,10 ,Eu ,1 ,0 ,1 ,F
> 2 ,26 ,10 ,Iw ,1 ,0 ,1 ,F
> 2 ,26 ,16 ,Eu ,2 ,1 ,2 ,F
> 2 ,26 ,16 ,Iw ,2 ,1 ,2 ,F
> 2.3 ,22 ,42 ,Eu ,3 ,0 ,3 ,F
> 2.3 ,22 ,42 ,Iw ,3 ,0 ,3 ,F
> 3 ,29 ,0 ,Dt ,4 ,0 ,1 ,F
> 3 ,22 ,5 ,Ky ,1 ,0 ,3 ,T
> 3 ,22 ,8 ,Eu ,1 ,1 ,2 ,F
> 3 ,22 ,8 ,Iw ,1 ,1 ,2 ,F
> 3 ,26 ,10 ,Ky ,1 ,0 ,1 ,T
> 3 ,22 ,12 ,Hv ,1 ,1 ,4 ,G
> 3.3 ,22 ,42 ,Cs ,3 ,0 ,3 ,G
> 3.3 ,22 ,42 ,Dt ,3 ,0 ,3 ,G
> 3.3 ,22 ,42 ,Hv ,3 ,0 ,3 ,G
> 3.3 ,22 ,42 ,Ky ,3 ,0 ,3 ,F
> 3.3 ,22 ,42 ,Lz ,3 ,0 ,3 ,T
> 4 ,22 ,5 ,Hv ,1 ,0 ,3 ,G
> 4 ,29 ,7 ,Ky ,4 ,1 ,2 ,T
> 4 ,29 ,7 ,Dt ,4 ,1 ,2 ,F
> 4 ,22 ,8 ,Jx ,1 ,1 ,2 ,G
> 4 ,22 ,12 ,Cs ,1 ,1 ,4 ,G
> 4 ,22 ,12 ,Dt ,1 ,1 ,4 ,G
> 4 ,22 ,12 ,Jx ,1 ,1 ,4 ,G
> 4 ,22 ,12 ,Dt ,1 ,1 ,4 ,F
> 4 ,22 ,12 ,Lz ,1 ,1 ,4 ,F
> 4 ,22 ,17 ,Ky ,3 ,1 ,4 ,T
> 4 ,22 ,17 ,Dt ,3 ,1 ,4 ,F
> 4.3 ,22 ,42 ,Jx ,3 ,0 ,3 ,G
> 4.5 ,22 ,28 ,Eu ,3 ,1 ,2 ,F
> 4.5 ,22 ,28 ,Iw ,3 ,1 ,2 ,F
> 4.9 ,26 ,22 ,Dt ,2 ,0 ,1 ,F
> 5 ,29 ,0 ,Ky ,4 ,0 ,1 ,T
> 5 ,29 ,0 ,Ky ,4 ,1 ,1 ,F
> 5 ,29 ,2 ,Ky ,4 ,1 ,3 ,F
> 5 ,22 ,5 ,Cs ,1 ,0 ,3 ,G
> 5 ,22 ,5 ,Dt ,1 ,0 ,3 ,G
> 5 ,22 ,5 ,Jx ,1 ,0 ,3 ,G
> 5 ,26 ,12 ,Cs ,2 ,0 ,3 ,G
> 5 ,26 ,12 ,Dt ,2 ,0 ,3 ,G
> 5 ,26 ,12 ,Hv ,2 ,0 ,3 ,G
> 5 ,26 ,12 ,Ky ,2 ,0 ,3 ,T
> 5 ,26 ,12 ,Ky ,2 ,1 ,3 ,F
> 6 ,22 ,8 ,Cs ,1 ,1 ,2 ,G
> 6 ,22 ,8 ,Dt ,1 ,1 ,2 ,G
> 6 ,22 ,8 ,Hv ,1 ,1 ,2 ,G
> 6 ,26 ,12 ,Dt ,2 ,0 ,3 ,F
> 6 ,26 ,22 ,Eu ,2 ,0 ,1 ,F
> 6.5 ,22 ,28 ,Ky ,3 ,0 ,2 ,T
> 6.5 ,22 ,28 ,Dt ,3 ,0 ,2 ,F
> 6.6 ,29 ,19 ,Ky ,3 ,1 ,1 ,T
> 6.7 ,26 ,22 ,Aq ,2 ,0 ,1 ,F
> 7 ,26 ,10 ,Cs ,1 ,0 ,1 ,G
> 7 ,26 ,10 ,Dt ,1 ,0 ,1 ,G
> 7 ,26 ,10 ,Hv ,1 ,0 ,1 ,G
> 7 ,22 ,17 ,Eu ,3 ,1 ,4 ,F
> 7 ,22 ,17 ,Iw ,3 ,1 ,4 ,F
> 7.9 ,26 ,22 ,Cs ,2 ,0 ,1 ,G
> 7.9 ,26 ,22 ,Dt ,2 ,0 ,1 ,G
> 7.9 ,26 ,22 ,Hv ,2 ,0 ,1 ,G
> 7.9 ,26 ,22 ,Lz ,2 ,0 ,1 ,T
> 7.9 ,26 ,22 ,Ky ,2 ,1 ,1 ,F
> 8 ,29 ,1 ,Ky ,4 ,0 ,4 ,F
> 8 ,29 ,1 ,Ky ,4 ,1 ,4 ,T
> 8 ,29 ,1 ,Dt ,4 ,1 ,4 ,F
> 8 ,22 ,5 ,Dt ,1 ,0 ,3 ,F
> 8 ,26 ,10 ,Jx ,1 ,0 ,1 ,G
> 8.6 ,29 ,19 ,Eu ,3 ,0 ,1 ,F
> 8.6 ,29 ,19 ,Iw ,3 ,0 ,1 ,F
> 9 ,22 ,8 ,Ky ,1 ,1 ,2 ,T
> 9 ,26 ,10 ,Dt ,1 ,0 ,1 ,F
> 9.6 ,29 ,19 ,Dt ,3 ,1 ,1 ,F
> 9.6 ,29 ,19 ,Ky ,3 ,1 ,1 ,F
> 9.9 ,26 ,22 ,Jx ,2 ,0 ,1 ,G
> 10 ,26 ,6 ,Br ,2 ,1 ,4 ,G
> 11 ,29 ,1 ,Eu ,4 ,1 ,4 ,F
> 11 ,29 ,1 ,Iw ,4 ,1 ,4 ,F
> 11 ,26 ,12 ,Aq ,2 ,1 ,3 ,F
> 12 ,29 ,2 ,Eu ,4 ,0 ,3 ,F
> 12 ,29 ,2 ,Iw ,4 ,0 ,3 ,F
> 13 ,26 ,6 ,Aq ,2 ,0 ,4 ,F
> 14 ,26 ,16 ,Cs ,2 ,1 ,2 ,G
> 14 ,26 ,16 ,Dt ,2 ,1 ,2 ,G
> 14 ,26 ,16 ,Hv ,2 ,1 ,2 ,G
> 14 ,26 ,16 ,Jx ,2 ,1 ,2 ,G
> 14 ,26 ,16 ,Ky ,2 ,1 ,2 ,T
> 14 ,26 ,16 ,Ky ,2 ,1 ,2 ,F
> 14 ,26 ,16 ,Lz ,2 ,1 ,2 ,T
> 15 ,29 ,2 ,Jx ,4 ,1 ,3 ,G
> 16.6 ,29 ,19 ,Hv ,3 ,1 ,1 ,G
> 21 ,26 ,6 ,Ky ,2 ,0 ,4 ,F
> 21 ,29 ,7 ,Jx ,4 ,1 ,2 ,G
> 21.3 ,22 ,42 ,Aq ,3 ,0 ,3 ,F
> 23 ,22 ,5 ,Aq ,1 ,0 ,3 ,F
> 24 ,26 ,16 ,Aq ,2 ,1 ,2 ,F
> 24 ,26 ,16 ,Dt ,2 ,1 ,2 ,F
> 24 ,22 ,17 ,Ky ,3 ,0 ,4 ,F
> 24 ,22 ,17 ,Lz ,3 ,0 ,4 ,T
> 24 ,22 ,17 ,Cs ,3 ,1 ,4 ,G
> 24 ,22 ,17 ,Dt ,3 ,1 ,4 ,G
> 24 ,22 ,17 ,Hv ,3 ,1 ,4 ,G
> 25 ,29 ,2 ,Cs ,4 ,1 ,3 ,G
> 25 ,29 ,2 ,Dt ,4 ,1 ,3 ,G
> 25 ,29 ,2 ,Hv ,4 ,1 ,3 ,G
> 25 ,29 ,2 ,Lz ,4 ,1 ,3 ,T
> 25 ,26 ,10 ,Aq ,1 ,0 ,1 ,F
> 25 ,26 ,12 ,Lz ,2 ,0 ,3 ,T
> 26.5 ,22 ,28 ,Cs ,3 ,0 ,2 ,G
> 26.5 ,22 ,28 ,Dt ,3 ,0 ,2 ,G
> 26.5 ,22 ,28 ,Hv ,3 ,0 ,2 ,G
> 26.5 ,22 ,28 ,Ky ,3 ,0 ,2 ,F
> 26.5 ,22 ,28 ,Lz ,3 ,0 ,2 ,T
> 29 ,29 ,7 ,Eu ,4 ,1 ,2 ,F
> 29 ,29 ,7 ,Iw ,4 ,1 ,2 ,F
> 30 ,22 ,12 ,Eu ,1 ,1 ,4 ,F
> 32 ,22 ,8 ,Aq ,1 ,1 ,2 ,F
> 32 ,22 ,12 ,Iw ,1 ,1 ,4 ,F
> 34 ,22 ,12 ,Br ,1 ,1 ,4 ,G
> 34 ,22 ,17 ,Jx ,3 ,1 ,4 ,G
> 34.3 ,22 ,42 ,Br ,3 ,0 ,3 ,G
> 35 ,29 ,0 ,Cs ,4 ,0 ,1 ,G
> 35 ,29 ,0 ,Dt ,4 ,0 ,1 ,G
> 35 ,29 ,0 ,Hv ,4 ,0 ,1 ,G
> 35 ,22 ,5 ,Ky ,1 ,0 ,3 ,F
> 37 ,29 ,1 ,Hv ,4 ,1 ,4 ,G
> 38 ,29 ,0 ,Lz ,4 ,1 ,1 ,T
> 41 ,26 ,6 ,Lz ,2 ,1 ,4 ,T
> 41 ,29 ,7 ,Lz ,4 ,0 ,2 ,T
> 41 ,29 ,7 ,Cs ,4 ,1 ,2 ,G
> 41 ,29 ,7 ,Dt ,4 ,1 ,2 ,G
> 41 ,29 ,7 ,Hv ,4 ,1 ,2 ,G
> 42 ,22 ,12 ,Ky ,1 ,1 ,4 ,F
> 45 ,22 ,5 ,Br ,1 ,0 ,3 ,G
> 46 ,22 ,8 ,Lz ,1 ,1 ,2 ,T
> 46.5 ,22 ,28 ,Aq ,3 ,1 ,2 ,F
> 51 ,29 ,0 ,Eu ,4 ,0 ,1 ,F
> 51 ,29 ,0 ,Iw ,4 ,0 ,1 ,F
> 51 ,26 ,12 ,Br ,2 ,0 ,3 ,G
> 56.5 ,22 ,28 ,Jx ,3 ,0 ,2 ,G
> 64 ,22 ,8 ,Br ,1 ,1 ,2 ,G
> 67 ,26 ,10 ,Lz ,1 ,1 ,1 ,T
> 67 ,26 ,22 ,Iw ,2 ,0 ,1 ,F
> 75 ,29 ,0 ,Jx ,4 ,0 ,1 ,G
> 76 ,22 ,8 ,Ky ,1 ,1 ,2 ,F
> 78 ,26 ,10 ,Br ,1 ,0 ,1 ,G
> 78 ,22 ,17 ,Aq ,3 ,1 ,4 ,F
> 79 ,26 ,10 ,Ky ,1 ,0 ,1 ,F
> 79.9 ,26 ,22 ,Br ,2 ,0 ,1 ,G
> 85 ,22 ,5 ,Lz ,1 ,0 ,3 ,T
> 86.6 ,29 ,19 ,Aq ,3 ,0 ,1 ,F
> 87 ,29 ,1 ,Lz ,4 ,0 ,4 ,T
> 87 ,29 ,1 ,Cs ,4 ,1 ,4 ,G
> 87 ,29 ,1 ,Dt ,4 ,1 ,4 ,G
> 87 ,29 ,1 ,Jx ,4 ,1 ,4 ,G
> 96.6 ,29 ,19 ,Cs ,3 ,1 ,1 ,G
> 96.6 ,29 ,19 ,Dt ,3 ,1 ,1 ,G
> 96.6 ,29 ,19 ,Jx ,3 ,1 ,1 ,G
> 96.6 ,29 ,19 ,Lz ,3 ,1 ,1 ,T
> 102 ,29 ,2 ,Aq ,4 ,0 ,3 ,F
> 114 ,26 ,16 ,Br ,2 ,1 ,2 ,G
> 121 ,29 ,1 ,Aq ,4 ,1 ,4 ,F
> 196.6 ,29 ,19 ,Br ,3 ,1 ,1 ,G
> 215 ,29 ,2 ,Br ,4 ,1 ,3 ,G
> 234 ,22 ,17 ,Br ,3 ,1 ,4 ,G
> 249 ,29 ,7 ,Aq ,4 ,1 ,2 ,F
> 256.5 ,22 ,28 ,Br ,3 ,0 ,2 ,G
> 302 ,22 ,12 ,Aq ,1 ,1 ,4 ,F
> 375 ,29 ,0 ,Br ,4 ,0 ,1 ,G
> 387 ,29 ,1 ,Br ,4 ,1 ,4 ,G
> 421 ,29 ,7 ,Br ,4 ,1 ,2 ,G
> 531 ,29 ,0 ,Aq ,4 ,0 ,1 ,F

------------------------------------------------------------------------ 
-

National Center for Ecological Analysis and Synthesis
University of California, Santa Barbara
735 State Street
Santa Barbara  CA  93101-3351

madin at nceas.ucsb.edu

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